Das Museum befindet sich in vorteilhafter Lage im Zentrum der Stadt Ioannina, auf dem Hügel Litharitsia.
Die Sammlung des Archäologischen Museums ist auf sieben Säle, den zentralen Flur und drei Innenhöfe mit einer Gesamtfläche von 1.200qm verteilt.
Die Ausstellungsstücke decken eine große Zeitspanne ab, vom ersten Erscheinen des Menschen in Epirus in der Altsteinzeit vor 250.000 Jahren bis zum Untergang der Spätantike in der römischen Epoche (3. Jahrhundert n.Chr.).
Einen besonderen Platz nehmen die Funde aus dem Allerheiligen von Dodoni ein; Sie sind in einem eigenen Saal ausgestellt, der ausschließlich diesem Orakel geweiht ist, einem der wichtigsten in der griechischen Antike.
Die panepirotische Dimension ist auch in der neuen Dauerausstellung erhalten geblieben, die ungefähr 3.000 archäologische Funde aus ganz Epirus beinhaltet.
Sie ist auf drei Achsen nach zeitlicher Abfolge, geografischer Lage und Themenbereich strukturiert.
Diese Achsen sind untereinander vernetzt und durchlaufen die ganze Museumsanordnung, mit dem Ziel, die besondere Physiognomie und den geschichtlichen Verlauf der Gegend in der Antike zur Geltung zu bringen.