Los orígenes del Santuario de Dodona, conocido porque su fama abarcó a toda Grecia, se remontan a la época del Bronce (2600-1200 a. C.).
Originalmente era un recinto descubierto donde se adoraba a la Gran Diosa, divinidad de la fertilidad y la fecundidad, que más tarde se vio sustituida por el culto al Zeus de Dodona (Zeus Naio) y su esposa Dione.
Los sacerdotes daban los oráculos al escuchar el susurro de las hojas o los sonidos de los trípodes que había alrededor de la Figos, el haya sagrada de Zeus.
En su honor se celebraban los juegos naios, de alcance panhelénico.
En el siglo IV a. C. se comenzó a construir el primer templo, la «Residencia Sagrada». Con todo, el Santuario se renovó completamente el siglo III a. C. bajo órdenes del rey Pirro.
Al mismo tiempo se construyeron el pritanío, el buleuterio y el teatro, uno de los más grandes de Grecia (alrededor de 17 000 asientos).
Homero y otros antiguos escritores griegos hablan del oráculo de Dodona como el más antiguo del mundo helénico.