Die Ursprünge des Heiligtums Dodoni, dessen Glanz in ganz Griechenland bekannt war, reichen in die Bronzezeit zurück (2.600 – 1.200 v.Chr.)
Damals war das Heiligtum im Freien und der großen Göttin, der Göttin der Fruchtbarkeit und Ernte gewidmet; Später verehrte man dort den Dodonischen Zeus (Naios Zeus) und seine Ehefrau Dioni.
Die Priester leiteten ihre Orakelsprüche vom Rascheln der Blätter, und den Klängen der Dreifüße ab, die rund um die heilige Eiche des Zeus standen.
Zu seinen Ehren wurden die Naia abgehalten, die als Panhellenische Wettkämpfe bekannt sind.
Im 4. Jahrhundert v. Chr. begann der Bau des ersten Tempels, des “Heiligen Hauses”. Im 3. Jahrhundert v. Chr. unter König Pyrrhus wurde der Tempel von Grund auf renoviert.
Zur selben Zeit wurden das Prytaneion, das Ratsgebäude und das Theater erbaut, eines der größten Theater im antiken Griechenland (ungefähr 17.000 Plätze).
Homer, aber auch andere antike griechische Schriftsteller, erwähnen das Orakel von Dodoni als ältestes griechisches Orakel.