Está situado en una posición prominente en la colina de Litharítsia, en el centro de la ciudad de Ioánina.
Las colecciones del Museo Arqueológico se distribuyen en siete salas, el pasillo central y tres patios, con una superficie total de 1200 m2.
Las exposiciones abarcan un largo período, desde la primera aparición del hombre en el Epiro durante el Paleolítico Inferior hace 250 000 años hasta la caída de la antigüedad clásica en época romana tardía (siglo III d. C.).
Se da especial relevancia a los hallazgos del Santuario de Dodona, que se exponen en una sala dedicada exclusivamente a uno de los oráculos más importantes del mundo griego.
La nueva exposición permanente conserva la perspectiva regional que tenía la antigua, y se compone de unos 3000 artefactos arqueológicos de todo el Epiro.
La estructura se basa en tres ejes: cronológico, geográfico y temático.
Estos ejes discurren por todo el flujo museístico evidenciando la particular fisionomía y progreso de la región a lo largo de la antigüedad.