Les origines du sanctuaire de Dodone, connu pour son rayonnement à l’échelle de toute la Grèce, remontent à l’âge de bronze (2600-1200 av. J-C).
Au départ, il était en plein air et on y adorait la Grande Déesse, divinité de la fertilité et de la fécondité, culte ensuite remplacé par celui de Zeus Dodonéen (Zeus résidant) et de sa femme Dione.
Les prêtres rendaient des oracles en écoutant le bruissement des feuilles ou les sons des trépieds placés autour du Chêne sacré de Zeus.
En son honneur se déroulaient les Naïa, des jeux panhelléniques renommés.
Au IVe siècle av. J-C commença la construction du premier temple («Hiéra oikia», la maison sacrée). Il fut cependant entièrement rénové au IIIe siècle av. J-C, sous le roi Pyrrhus.
À la même époque, on construisit le Prytanée, le Bouleuterion et le Théâtre, qui compte parmi les plus grands théâtres antiques grecs (17 000 places environ).
Homère ainsi que d’autres auteurs grecs anciens mentionnent l’oracle de Dodone comme le plus ancien dans le monde grec.