L’Imaret a été édifié dans la seconde moitié du XVe siècle par Faik Pacha. La mosquée a été construite à partir de matériaux provenant de l’ancienne église byzantine de la Consolation, de l’ancienne Nicopolis et de divers édifices antiques d’Ambracie.
Souhaitant que son nom reste immortel, Faik Pacha décida de construire un imaret (hospice), où de nombreuses personnes démunies trouvèrent refuge et nourriture. En raison de l’imaret, le quartier a pris le nom de «Marati».
La mosquée fut le théâtre de plusieurs batailles pendant la révolution de 1821.
D’après Ioannis Makriyannis, le 14 novembre 1821, Marcos Botsaris se retrancha avec 300 hommes dans la mosquée. Plusieurs chefs militaires, dont Georgios Karaiskakis, s’unirent à lui.
Le 15 novembre, les Turcs commencèrent une incessante canonnade et provoquèrent des pertes importantes. Botsaris et Karaiskakis se barricadèrent dans la mosquée jusqu’à ce qu’apparaisse Notis Botzaris accompagné de 300 hommes. Puis, tous ensemble, ils repoussèrent les Turcs vers Arta.
Après la libération d’Arta, la mosquée fut transformée en une église dédiée à Saint Jean le Russe.
