В раннехристианских стенах были обнаружены и частично раскопаны в общей сложности четыре базилики.
Базилика II Алкисона — митрополитский собор Никополя — расположен в северо-восточной части города и датируется серединой V в.
Она представляет собой большую пятинефную базилику со вспомогательными постройками на юго-западе и удлиненным монументальным портиком в западной части. Примерно в середине центрального нефа сохранились фрагменты кафедры.
Характерной особенностью интерьера базилики являются архитектурные рельефные части, большая часть из которых является сполиями римских памятников.
Полы были украшены мраморной инкрустацией с разнообразными узорами, а нартекс, трехколоннадный двор и надворные пристройки украшала мозаика.