Βρίσκεται στο βόρειο άκρο της πόλης και άνοιξε τις πύλες του στο κοινό το 2009. Τα εκθέματά του προέρχονται από ανασκαφικές έρευνες στην ευρύτερη περιοχή της Θεσπρωτίας και χρονολογούνται από τη Μέση Παλαιολιθική περίοδο (100.000 π.Χ.) έως και τη μεταβυζαντινή εποχή. Η παρουσίαση των αξιόλογων εκθεμάτων διαρθρώνεται σε πέντε ενότητες, που συνοδεύονται από πλούσιο εποπτικό υλικό, όπως φωτογραφίες, κείμενα, αναπαραστάσεις κ.α. Παράλληλα για την καλύτερη κατανόηση του εκθεσιακού προγράμματος γίνεται χρήση των νέων τεχνολογιών. Στην πρώτη ενότητα γίνεται αναφορά στην ιστορική και αρχαιολογική ταυτότητα της Θεσπρωτίας και δίνονται πληροφορίες για τις μεγάλες αρχαίες πόλεις που έχουν ανασκαφεί, όπως τα Γίτανα, η Ελέα, η Ελίνα κ.α. Ακολουθούν οι ενότητες του δημοσίου και ιδιωτικού βίου και γίνεται ιδιαίτερη αναφορά στα ταφικά έθιμα της περιοχής, μέσα από τις οποίες ο επισκέπτης μπορεί εύκολα να κατανοήσει τις ποικίλες πτυχές της δημόσιας και καθημερινής ζωής των αρχαίων Θεσπρωτών.
Στις αίθουσές του Μουσείου μπορεί κανείς να θαυμάσει εκθέματα διαφόρων κατηγοριών, όπως κοσμήματα, αγγεία, εργαλεία, νομίσματα, λυχνάρια και όπλα. Το αρχαιολογικό Μουσείο της Ηγουμενίτσας παίζει ένα σημαντικό ρόλο στα πολιτιστικά δρώμενα της πόλης, καθώς διοργανώνει συχνά ένα πλήθος εκδηλώσεων, όπως συναυλίες, εκθέσεις, ομιλίες και ποικίλες ψυχαγωγικές εκδηλώσεις. Τέλος, ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα εκπαιδευτικά προγράμματα του Μουσείου.